Het Algemeen Bestuur (AB) is vergelijkbaar met een gemeenteraad. Het AB bepaalt de hoofdlijnen van het beleid en neemt de belangrijkste beslissingen. Denk aan de begroting, de belastingen en welke grote investeringen Zuiderzeeland doet. Ook stelt het AB de belangrijkste regelingen en verordeningen vast. 21 AB-leden zijn democratisch gekozen via de verkiezingen en 4 zijn benoemd door belangenorganisaties van 
agrariërs en natuur.

Het college van Dijkgraaf en Heemraden (DenH) bestaat uit een dijkgraaf en drie heemraden, aangevuld met de secretaris-directeur. Zij vormen het dagelijks bestuur van het waterschap. De leden hebben onderling de portefeuilles en projecten verdeeld.
Het college vergadert iedere week. Deze vergaderingen zijn besloten. De besluiten die tijdens deze vergaderingen genomen worden, worden vast gelegd in Besluitenlijsten, die u kunt inzien onder het kopje Overzichten

Een fractieondersteuner is door een fractie aangewezen om haar bij te staan in haar werk ten behoeve van de raad. Zij ondersteunen fracties dus in brede zin.

Waterschap Zuiderzeeland wil als organisatie continu verbeteren en leren van het gevoerde beleid en opgedane ervaringen. De Rekenkamercommissie (RKC) is een instrument van de Algemene Vergadering van Waterschap Zuiderzeeland (AV) om dit te bevorderen.

De Algemene Vergadering (AV) wordt ambtelijk ondersteund door Bestuursondersteuning. Bestuursondersteuning faciliteert en bewaakt het democratisch proces van de besluitvorming. Verder adviseren zij gevraagd en ongevraagd. Bestuursondersteuning vormt de schakel tussen de Algemene Vergadering, het college, inwoners en de ambtelijke organisatie.